Történetünk főhőse, Amano Yukiteru egy középiskolás fiú, akinek komoly gondjai vannak az emberi kapcsolatokkal. Nehezére esik barátokat szerezni és kívülállóként tekint magára. Élete minden egyes pillanatát feljegyzi mobiltelefonos naplójába. Yukinak csak két barátja van, Deus Ex Machina (a tér és idő ura) és Deus szolgája Muru Muru, bár ők egyedül Yuki képzeletében léteznek. Vagy mégsem? Egyik nap Deus meglepetéssel érkezik Yukihoz: elmondja a fiúnak, hogy a naplója mától nem a múltat, hanem a jövőt fogja mutatni. Az elkövetkező kilencven napra előre be vannak jegyezve az események. Yuki először nem hisz a napló erejében, de az a nap folyamán többször is megjósolja a jövőt. Yuki éppen csak elkezd örülni új hatalmának, amikor Deus újabb meglepetéssel szolgál: létezik még 11 ember, akiket Yukihoz hasonló képességekkel ruháztak fel. Ők a “Naplóhordozók”, akiknek életre-halálra kell egymással küzdeniük. A nyertes díja pedig nem más, minthogy Istenné válhat.